吳清源早年與日本作家川端康成(1899 – 1972)交往甚深。川端康成有十數篇文章寫過他，最有名的，是長篇隨筆〈吳清源棋談〉(1953) 。近年，吳清源作為素材，更誘發了一部傳記電影《吳清源》(2006)，由田壯壯導演。筆者手頭上甚至有一套漫畫，以吳清源、木谷實有名的「鎌倉十番棋」為背景，寫中、日兩位棋手的深厚情誼。
不過，吳清源傳奇一生所代表的，並非單只是圍棋。他在二十世紀以來的中日關係史，以及晚年提倡相生相容的「廿一世紀圍棋」，象徵意義豐富，影響也許更深遠。
吳清源特別有象徵意義。
首先吳清源在少年時，是日本圍棋界從中國引進日本進修的「圍棋神童」。他的恩師瀨越憲作(1889 – 1972)，聯繫日本政經界名人出力出資，花兩年時間安排這事。這是以棋道為先，超越國界的視野，可說是那個年代中日文化交流的佳話，是二十世紀前期一份和平力量，與緊張的中日政治關係及軍事對抗同時存在。
二十世紀中日關係複雜，中國又發生了巨大的政治變局，吳清源的文化身份、國籍、親屬關係，甚至與日本棋院的關係，變得很微妙。1936年他加入日本國籍，1946年一些日本華僑強迫他放棄日本國籍，到1949年他正式恢復中華民國(台灣) 籍，1979年為了子女將來又再加入日本國籍；他年輕時被某些中國人指罵為「文化漢奸」，又收到日本人恐嚇要其輸掉十番棋；中日交戰，他難堪思緒混亂而尋求宗教安心，有幾年與妻子甚至隨一個小宗教教主「璽光尊」在日本各地流徙；壯年時在自己不知情之下被日本棋院免除院籍。戰後他與兩位哥哥三人分處三地：曾於滿州國任職的大哥吳浣在台灣，很早就加入中國共產黨，曾參加二萬五千里長征的二哥吳炎在中國大陸，而吳清源加入了中國台灣籍，住在日本。他自己感慨：「有時不禁覺得，我們兄弟三人的歷史就是一部20世紀的歷史。」[1]
吳清源一生處於動盪的中日關係中。有過一些討論，指他在日本侵華期間，分別於1934年、1942年，作為「日滿華圍棋親善使節團」、「日本親善圍棋交流團」成員，兩次回國，「毫無疑問，吳清源是被日本軍國主義利用的一顆棋子，他也因此遭到國人遣責」。[2] 雖然論者認為這些政治「瑕疵」形成原因複雜，「文化漢奸」一詞，「未能全面反映時代特徵和個體本質，應當抹去。」[3] 並且，「時代因素滲入吳清源的生活和人格，使他不得不去面對歷史強加於身的東西。這是個人的悲哀，也是時代的悲哀。」[4] 但是，論述只是以個別事件的事實作考察，頂多結合多種因素說明其複雜性，而沒有從生命史的全局去看。
最明顯的一件事，當然是圍棋史上前無古人，至今亦無來者的十七年擂台十番棋中長勝。作為中國人，吳清源一次又一次地在最高手對決的擂台十番棋中，大敗日本棋壇特級高手，把對手打至降格。包括中日戰爭(1937 – 1945) 開始後，大敗同是七段的木谷實(1909 – 1975)於「鎌倉十局」，雁金准一(1879 – 1959)八段，至第五局時四勝一負，使有關人士中止比賽，以及戰後，他又把橋本宇太郎(1907 – 1994)、岩本熏(1902 – 1999)、藤澤庫之助(1919 – 1992)、坂田荣男（1920－2010）、高川秀格(1915 –
1986)，都一一打至降格。
